分割出荷とは、言葉通り出荷する荷物をひとまとめではなく分割で出荷することを指します。
本来ならひとまとめで出荷したほうが、分かれていない分だけ管理しやすいです。また発送も受取も1度で済みますから、分割出荷はできるだけ避けたいところです。
ですが諸々の事情により、分割出荷になってしまうケースがあります。

たとえば出荷元に必要な分の在庫が用意されていない場合がそうです。
必要な数が用意されていない場合は、ある分だけを先に出荷します。
荷物は早く欲しいけれども肝心の在庫が不足していてひとまとめでは出荷できない場合は、やむをえず分割出荷することがあります。

また出荷先の都合だけではなく受取側の都合でも、分割出荷になる場合があります。それは受取側に届いた荷物を保管しておくだけのスペースを用意できない場合です。
それでは一括出荷をしても保管しておくだけのスペースがありませんから、とりあえずスペースに保管できる分だけを分割出荷で先に出荷してもらうのです。

このように苦肉の策として分割出荷をしなければいけないケースもあります。
ひとまとめにした一括出荷のほうが出荷する形としては当然わかりやすいですし経費もおさえられるのですが、分割出荷になる場合もあります。